Lê Công Thanh sinh ngày 15 tháng 1 năm 1900 tại làng Mao Xá, tổng Xuân Lai, phủ Thiệu Hóa (nay là xã Thiệu Toán, huyện Thiệu Hóa), tỉnh Thanh Hóa. Ông sinh ra trong một gia đình nông dân bậc trung, là con thứ hai trong gia đình có 3 anh em.

Từ nhỏ Lê Công Thanh được cha mẹ cho đi học chữ Hán. Đến năm 1919, khi Nhà Nguyễn bỏ chữ Hán, Ông chuyển sang học Quốc Ngữ và tiếng Pháp. Sau đó, Ông theo học ngành sư phạm và được cử về dạy học tại trường Tiểu học tổng Kim Khê (nay là huyện Đông Sơn), tỉnh Thanh Hóa.